Evidenzbasiertes und zukunftsorientiertes Panel-Design
Unerreichte Einheitlichkeit und Tiefe der Abdeckung für schwer zu sequenzierende Gene, z. B. CEBPA, NPM1 und FLT3-ITDs
Schneller und flüssiger Arbeitsablauf mit der Universal NGS Complete Workflow Solution
Kostenlose Datenanalysesoftware mit Interpret NGS Analysis Software

SureSeq™ NGS MRD Panel – Hochsensitives NGS-Panel zur MRD-Analyse bei AML

Das SureSeq^TM Myeloid MRD-Panel wurde in Zusammenarbeit mit führenden Krebsexpertinnen und -experten und in Übereinstimmung mit den Empfehlungen des European LeukemiaNet (ELN) [1, 2] entwickelt, um einen kostengünstigen NGS-Assay zur Untersuchung der MRD in AML-Proben anzubieten. Der Inhalt des Panels umfasst Schlüsselgene für die Beurteilung der AML, einschließlich Genen, die bei MPN und MDS eine Rolle spielen, um die sekundäre AML-Progression zu untersuchen.

Darüber hinaus sind Gene enthalten, die bei der Erforschung des möglichen Ansprechens auf Medikamente eine Bedeutung haben, um eine umfassende und informative Probenanalyse zu ermöglichen.

Intelligentes Panel-Design mit hoher Abdeckungstiefe

Durch das intelligenten Panel-Design von SureSeq übertrifft das Myeloid-MRD-Panel die typische Empfindlichkeit alternativer NGS-Panels, um SNVs, Indels und interne Tandemduplikationen (ITDs) bis auf 0,05 % VAF genau zu erkennen.

Zielgene

Gene	Exons
CSF3R	Exons 13–17
MPL	Exon 10
SF3B1	Exons 13–16
IDH1	Exon 4
KIT	Exons 2, 8–11, 13 und 17
NPM1	Exon 11
JAK2	Exons 12 und 14
FLT3	Exons 13–15 und 20
IDH2	Exons 4 und 5
TP53	Exons 2–11 (inc. NM_001276695:ex10, NM_001276696:ex10)
CALR	Exon 9
Exon 9	Exons 4–8
CEBPA	Exon 1

Weitere Details

Abbildung 1: CALR Exon 9 (hg19 chr19:13054527-13055304); Tiefe der Abdeckung pro Base (grau); Zielregion (grün); genkodierender Bereich gemäß RefSeq (blau); GC-Anteil (rot).

Abbildung 2: IGV-Plot, der eine hohe Einheitlichkeit der Abdeckung aller Zielregionen im Panel zeigt, einschließlich NPM1 Exon 11.

Abbildung 3: FLT3-ITDs unterschiedlicher Größe und sogar Regionen mit mehreren ITDs können sicher erkannt werden. ITD-Größen sind [A] 174 bp, [B] 225 bp, [C] 195 bp mit zusätzlichen 6 bp, [D] 120 bp, [E] 168 bp mit zusätzlichen 69 bp.

Hämatologische NGS-Panels (OGT)

Entdecken Sie alle NGS Library Preparation Kits & Reagenzien (OGT)

Referenzen

[1] European LeukemiaNET. Verfügbar auf: www.leukemia-net.org.

[2] Döhner et al Blood. 2022; 140(12):1345-1377.

Haftungsausschluss

SureSeq^TM: Nur für Forschungszwecke, nicht zur Verwendung in diagnostischen Verfahren.

Hersteller und Trademark: SureSeq^TM (Oxford Gene Technology IP Limited)

Spezifikationen

Anzahl Targets	45 Hotspot-Exons von 13 Genen
Panel-Größe	11,2 kb
Mittlere Zielabdeckung	Bis zu 20.000 x
Nachweisgrenze SNVs, Indels, ITDs	0,05 %	0,1%
Empfohlener DNA-Input	11,2 kB	200 ng
	Proben pro Lauf
NextSeq 500 High Output	16	24
NextSeq 2000 P3	48	72
NovaSeq SP	32	48
NovaSeq S1	64	96

Erkennung von SNVs, Indels und einer ITD, mit erwarteten Häufigkeitsbereichen von 0,1 %–0,05 %. SNVs werden gefiltert, um UMIs (Unique Molecular Identifiers) mit einer Lesegruppengröße von 1 zu entfernen. Myeloischer Referenz-DNA-Standard (Horizon Discovery), sequenziert auf einem Illumina NextSeq^® 500.

	Gen	Variante	Koordinate	0,1% VAF	0,1% VAF	0,05% VAF	0,05% VAF	Neg. Ktrl	Neg. ctrl
				Lesetiefe	Beobacht. VAF	Lesetiefe	Beobacht. VAF	Lesetiefe	Beobacht. VAF
SNV	SF3B1	c.2219G>A	chr2:197401989	7426	0,13	14282	0,03	15076	0
	IDH1	c.394C>T	chr2:208248389	6743	0,09	15572	0,06	15734	0
	JAK2	c.1849G>T	chr9:5073770	10408	0,12	22348	0,08	22065	0
	FLT3	c.2503G>T	chr13:28018505	9747	0,11	24098	0,04	23942	0
	IDH2	c.515G>A	chr15:90088606	7294	0,08	16554	0,04	18875	0
	TP53	c.722C>T	chr17:7674241	5166	0,12	12609	0,03	13769	0
Indel	NPM1	c.860_863dup	chr5:171410539	8164	0,11	18630	0,07	17630	0
	JAK2	c.1611_1616del	chr9:5070021	12270	0,03	28197	0,02	25411	0
ITD	FLT3	ITD300	chr13:28033909	6045	≥ 0,1	12265	≥ 0,05	10473	0